Also scheinen Flatpacks so ähnlich wie das Bundle von NeXTstep bzw. Mac OS X zu sein. Kurz gesagt: Bundles sind Ordner, die wie Dateien behandelt werden.
Anwendungen (.app) sind keine ausführbaren Dateien, auch wenn es im Finder (das ist der Dateimanager) erst so aussieht. Die ausführbare Datei liegt im .app-Bundle drin, zusammen mit allen nötigen Third-Party-Libraries und Resourcen – sodass man sich keine Sorgen machen muss, wo der Rest vom Programm verbleibt.
Installiert wird eine Anwendung, indem man sie auf den Datenträger kopiert und zum ersten Mal startet – oder einfach aus dem Netzwerk von einem Server startet. Dabei werden die Einstellungen des Users in seinem Home-Verzeichnis abgelegt. Deinstallieren, indem man das einfach wieder rückgängig macht.
Es liegt z.B. das Standardprogramm TextEdit.app im Applikationen-Ordner. Dort kann man es per Doppelklick direkt starten wie eine .exe-Datei. Der Finder versteht, dass .app ein Bundle ist, und startet darin die eigentliche ausführbare Datei, die Unix-mäßig nur TextEdit heißt. Das Programm findet dann in seinem Bundle seine Umgebung vor.
Selten kommen Anwendungen doch mit einem richtigen Package, das installiert werden muss. Dann werden Libraries noch zusätzlich auf die Festplatte kopiert.
Natürlich gibt es weiterhin auch klassische Unix-Executables ohne Bundle. Andere Bundles enthalten eine Laufzeit-Umgebung bestehend aus mehreren Libraries, wieder andere enthalten ein Plugin für eine Anwendung, oder ein Textdokument mit all seinen eingebetteten Bildern.